Politeknik Kelautan dan Perikanan Sorong didirikan berdasarkan Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor: KEP.26J/MEN/2001, tanggal 01 Mei 2001 dan sesungguhnya telah diresmikan pendiriannya pada tanggal 7 april 2001 oleh Bapak Sekretaris Jenderal Departemen Kelautan dan Perikanan dalam suatu acara resmi dan ditanda tangani dengan penandatanganan prasasti.
Pada pasal 1 ayat (1) Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan tersebut diatas disebutkan bahwa Politeknik Kelautan dan Perikanan Sorong yang awalnya bernama Akademi perikanan Sorong adalah Perguruan Tinggi Kedinasan di lingkungan Departemen Kelautan dan Perikanan yang berada di bawah dan tanggung jawab kepada Kepala Pusat Pendidikan dan Pelatihan Perikanan.
Secara teknis fungsional Akademi Perikanan Sorong di bina oleh Menteri Pendidikan Nasional dan. secara teknis operasionalnya di bina oleh Menteri Kelautan dan Perikanan.
Susunan organisasi Politeknik Kelautan dan Perikanan Sorong sesuai ketentuan pada pasal 4 Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan tentang Organisasi dan Tata Kerja Akademi Perikanan Sorong